股权确认纠纷主要包括以下情形：
1、实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议；
2、因公司未依法签发出资证明书、记载于股东名册并办理公司登记机关登记产生纠纷。
法律依据:
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第二十一条
当事人向人民法院起诉请求确认其股东资格的，应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人参加诉讼。
第二十二条
当事人之间对股权归属发生争议，一方请求人民法院确认其享有股权的，应当证明以下事实之一：
（一）已经依法向公司出资或者认缴出资，且不违反法律法规强制性规定；
（二）已经受让或者以其他形式继受公司股权，且不违反法律法规强制性规定。
