增值税的附加税计算方式有：应纳税额=当期销项税额-当期进项税额。作为税种存在的附加税，通常是以正税的应纳税额为其征税标准。属于正税一部分的附加税，通常是按照正税的征收标准征收。
法律依据:
《中华人民共和国增值税暂行条例》第四条除本条例第十一条规定外，纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产（以下统称应税销售行为），应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。应纳税额计算公式：
应纳税额=当期销项税额－当期进项税额
当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。
