独立核算的分公司需要合并。分公司属于公司的分支机构，不具有法人资格，不能独立承担民事责任。设立分公司的总公司是独立法人，分公司虽然独立核算，依然需要跟随总公司一并合并。
法律依据:
《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司法》第一百七十二条公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
