公司合并员工不愿意一般没有赔偿。公司合并后，原劳动合同继续有效，劳动合同由合并后存续的公司或者新设的公司继续履行。员工因公司合并与公司解除合同不属于需要支付经济补偿金的情形。
法律依据:
《《中华人民共和国劳动合同法》》第三十四条用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
《《中华人民共和国公司法》》第一百七十四条公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
《《中华人民共和国劳动合同法》》第三条订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
