上市公司股权协议转让的流程是：
1、采用公开的集中交易方式在依法设立的证券交易所上市交易；
2、股权变动的公司需召开股东大会，并形成决议；
3、双方签订股权转让协议；
4、办理交割手续和变更登记。
法律依据:
《《中华人民共和国公司法》》第一百四十四条上市公司的股票，依照有关法律、行政法规及证券交易所交易规则上市交易。
《《中华人民共和国证券法》》第三十七条公开发行的证券，应当在依法设立的证券交易所上市交易或者在国务院批准的其他全国性证券交易场所交易。
非公开发行的证券，可以在证券交易所、国务院批准的其他全国性证券交易场所、按照国务院规定设立的区域性股权市场转让。
《《中华人民共和国证券法》》第三十八条证券在证券交易所上市交易，应当采用公开的集中交易方式或者国务院证券监督管理机构批准的其他方式。
