办理抵押物登记的部门包括：土地管理部门；县级以上地方政府规定的部门；县级以上林木主管部门；运输工具的登记部门；以及财产所在地工商行政管理部门等。
法律依据:
《中国农业发展银行贷款担保暂行办法》第二十九条贷款采取抵押方式的，其抵押物必须办理登记手续。以下抵押物的登记部门是：
（一）以无地上定着物的土地使用权抵押的，为核发土地使用权证书的土地管理部门。
（二）以城市房地产或乡、村企业的厂房等其他建筑物抵押的，为县级以上地方政府规定的部门。
（三）以林木抵押的，为县级以上林木主管部门。
（四）以车辆、船舶等抵押的，为运输工具的登记部门。
（五）以企业生产设备抵押的，为财产所在地工商行政管理部门；抵押人以国有资产抵押的，需经有权部门出具书面同意书。
（六）以其他抵押物抵押的，为抵押人所在地的公证部门。
