被告失踪后，处理民间借贷纠纷的办法：原告可以申请法院宣告其为失踪人，并请求法院判决其财产代管人从失踪人的财产中支付欠款；或者原告也可以依法请求其担保人承担担保责任。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第四十条自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。
《中华人民共和国民法典》第四十三条财产代管人应当妥善管理失踪人的财产，维护其财产权益。
失踪人所欠税款、债务和应付的其他费用，由财产代管人从失踪人的财产中支付。
财产代管人因故意或者重大过失造成失踪人财产损失的，应当承担赔偿责任。
《中华人民共和国民法典》第三百八十六条担保物权人在债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现担保物权的情形，依法享有就担保财产优先受偿的权利，但是法律另有规定的除外。
