公司变更商标的办理流程：
1、申请人到商标局提出变更申请，委托办理的，由代理机构将申请文件报送商标局；
2、提交变更申请书和工商行政管理机关登记部门的变更证明；
3、变更申请核准后，商标局发给申请人变更证明。
法律依据:
《中华人民共和国商标法》第十八条申请商标注册或者办理其他商标事宜，可以自行办理，也可以委托依法设立的商标代理机构办理。外国人或者外国企业在中国申请商标注册和办理其他商标事宜的，应当委托依法设立的商标代理机构办理。
《中华人民共和国商标法》第四十一条注册商标需要变更注册人的名义、地址或者其他注册事项的，应当提出变更申请。
