房屋确权有纠纷应该加以协商解决，或向相关部门请求帮助进行调解；协商不成时，应当根据买卖合同约定或者当事人之间的协议，由指定机构进行仲裁；仍未解决的，可向人民法院提起诉讼，依法保护自己的合法权益。
法律依据:
《《中华人民共和国仲裁法》》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《《中华人民共和国民法典》》第五百七十七条【违约责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
《《中华人民共和国民事诉讼法》》第一百二十五条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
