两个公司的分公司可以合并。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。两个公司的分公司可以跟随各自总公司的行为进行合并，但不可脱离总公司的行为单独进行合并。公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。
法律依据:
《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司法》第一百七十二条公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
