对阻碍执行军事职务罪适用刑罚的方式为对行为人处五年以下有期徒刑或者拘役，情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，情节特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
法律依据:
《刑法》第四百二十六条
以暴力、威胁方法，阻碍指挥人员或者值班、值勤人员执行职务的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。战时从重处罚。
第四百五十一条
本章所称战时，是指国家宣布进入战争状态、部队受领作战任务或者遭敌突然袭击时。
部队执行戒严任务或者处置突发性暴力事件时，以战时论。
