建筑工程内部承包协议纠纷是专属管辖。建筑工程内部承包协议纠纷会涉及到正在施工的不动产，我国法律规定，因不动产纠纷提起的诉讼，属于专属管辖，由不动产所在地人民法院管辖。
法律依据:
《民事诉讼法》第三十四条
下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；
（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；
（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。
建筑工程内部承包协议纠纷是专属管辖。建筑工程内部承包协议纠纷会涉及到正在施工的不动产，我国法律规定，因不动产纠纷提起的诉讼，属于专属管辖，由不动产所在地人民法院管辖。
《民事诉讼法》第三十四条
下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；
（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；
（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。
