公司内部股权变更实际上就是股东之间相互转让股权，股东个人在公司内部变更股权是要缴纳20%的个人所得税的。个人转让股权，以股权转让收入减去股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。
法律依据:
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第二十条
具有下列情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税：
（一）受让方已支付或部分支付股权转让价款的；
（二）股权转让协议已签订生效的；
（三）受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的；
（四）国家有关部门判决、登记或公告生效的；
（五）本办法第三条第四至第七项行为已完成的；
（六）税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形。
