股东擅自允许他人出资入股不合法。法律规定，公司股东在其他股东未知晓的情况下同意他人入股的行为是不合法的。根据《公司法》的规定，允许出资入股实际上增加公司注册资本且公司章程也需修改，应经股东会会议决议通过。因此，股东擅自允许他人出资入股不合法。
法律依据:
《公司法》第四十三条
股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。
股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
股东擅自允许他人出资入股不合法。法律规定，公司股东在其他股东未知晓的情况下同意他人入股的行为是不合法的。根据《公司法》的规定，允许出资入股实际上增加公司注册资本且公司章程也需修改，应经股东会会议决议通过。因此，股东擅自允许他人出资入股不合法。
《公司法》第四十三条
股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。
股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
