工程竣工验收不合格，处理方式如下：
（一）要求对方进行修复，修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
法律依据:
《《中华人民共和国民法典》》第七百九十九条【建设工程的竣工验收】建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。
建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。
