公司可以通过通知、协商、诉讼等方式行使债务的抵销权。如果公司与其他当事人互负债务，该债务的标的物的种类、品质相同，并且可以进行抵销的，公司可以提出将自己的债务与对方的到期债务相抵销。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一百三十五条民事法律行为可以采用书面形式、口头形式或者其他形式；法律、行政法规规定或者当事人约定采用特定形式的，应当采用特定形式。
《中华人民共和国民法典》第五百六十八条当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。
当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。
《中华人民共和国民法典》第五百六十九条当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销。
