申请农村房屋房产证，首先要申请宅基地使用权，然后向当地的街道办事处申请建设报批手续，竣工以后要去规划建设部门，申报竣工验收取得合格证明，然后携带相关材料向当地的房管所提出申请，房管所再进行审核和公告，最后登记发证。
法律依据:
《民法典》第二百零九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第二百一十条
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
