国家安全机关在反间谍工作中依法行使以下职权：侦查；拘留；预审；执行逮捕；法律规定的其他职权。执行任务时应当依法出示相应证件，有权查验中国公民或者境外人员的身份证明。国家安全机关是反间谍工作的主管机关。
法律依据:
《中华人民共和国反间谍法》第八条国家安全机关在反间谍工作中依法行使侦查、拘留、预审和执行逮捕以及法律规定的其他职权。
《中华人民共和国反间谍法》第九条国家安全机关的工作人员依法执行任务时，依照规定出示相应证件，有权查验中国公民或者境外人员的身份证明，向有关组织和人员调查、询问有关情况。
