发生纠纷公司法定代表人跑了应当召开股东会或者股东大会自作出变更法定代表人决议，自变更决议或者决定作出之日起30日内申请变更登记，同时造成公司损失的可以向人民法院起诉追偿。
法律依据:
《中华人民共和国企业法人登记管理条例》第十七条企业法人改变名称、住所、经营场所、法定代表人、经济性质、经营范围、经营方式、注册资金、经营期限，以及增设或者撤销分支机构，应当申请办理变更登记。
《中华人民共和国企业法人登记管理条例》第十八条企业法人申请变更登记，应当在主管部门或者审批机关批准后30日内，向登记主管机关申请办理变更登记。
