企业清算收入按以下方法纳税：处理企业生产的产品或外购货物取得的收入，仍按正常经营一样进行增值税处理；处置不动产，按“销售不动产”项目缴纳营业税；产权转移证书，按所载金额万分之五缴纳印花税；处置房屋、建筑物、构筑物以及地面附着物及转让土地使用权取得的收入，缴纳土地增值税；其他。
法律依据:
《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务（以下简称劳务），销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
《中华人民共和国印花税暂行条例》第三条纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。
具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。
应纳税额不足一角的，免纳印花税。
应纳税额在一角以上的，其税额尾数不满五分的不计，满五分的按一角计算缴纳。
