债务人以仲裁条款抗辩是有效的。债权债务转让后，仲裁协议对受让人有效，但当事人另有约定、在受让债权债务时受让人明确反对或者不知有单独仲裁协议的，则可以提出抗辩。
法律依据:
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第八条
当事人订立仲裁协议后合并、分立的，仲裁协议对其权利义务的继受人有效。
当事人订立仲裁协议后死亡的，仲裁协议对承继其仲裁事项中的权利义务的继承人有效。
前两款规定情形，当事人订立仲裁协议时另有约定的除外。引用统计
第九条
债权债务全部或者部分转让的，仲裁协议对受让人有效，但当事人另有约定、在受让债权债务时受让人明确反对或者不知有单独仲裁协议的除外。
