工程欠款纠纷的处理流程是：
1、施工人与承包人进行协商，要求承包人支付工程欠款；
2、拒不支付的，可以到人力资源和社会保障局劳动监察进行投诉；
3、或者是法院提起诉讼。
法律依据:
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十五条因建设工程质量发生争议的，发包人可以以总承包人、分包人和实际施工人为共同被告提起诉讼。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十六条发包人在承包人提起的建设工程施工合同纠纷案件中，以建设工程质量不符合合同约定或者法律规定为由，就承包人支付违约金或者赔偿修理、返工、改建的合理费用等损失提出反诉的，人民法院可以合并审理。
