股权转让协议双方都要交印花税。企业股权转让所立的书据，双方按照产权转移就股权转让书据计贴印花税，适用税率为书据所载金额5‰。印花税是对经济活动和经济交往中订立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。
法律依据:
《中华人民共和国印花税暂行条例》第一条在中华人民共和国境内书立、领受本条例所列举凭证的单位和个人，都是印花税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当按照本条例规定缴纳印花税。
《中华人民共和国印花税暂行条例》第三条纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。
应纳税额不足1角的，免纳印花税。
应纳税额在1角以上的，其税额尾数不满5分的不计，满5分的按1角计算缴纳。
