双方解除婚姻关系后，子女的医药费一般从抚养费中支出，因为离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费，抚养费包括子女生活费、教育费、医疗费等费用；如果医药费超出抚养费或者是过高的，可以和不直接抚养方协商双方支付。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第一千零八十五条
离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。
前款规定的协议或者判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或者判决原定数额的合理要求。
《最高人民法院关于适用中华人民共和国民法典婚姻家庭编的解释（一）》第四十二条
民法典第一千零六十七条所称“抚养费”，包括子女生活费、教育费、医疗费等费用。
