企业的商业秘密被侵犯，视不同情况向不同部门起诉。
1、双方自愿达成仲裁协议的向约定的仲裁机构申请仲裁；
2、构成不正当竞争行为要求工商管理部门监督检查；
3、直接向人民法院起诉。
法律依据:
《中华人民共和国刑法》第二百一十九条第一款
有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金：
(一)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；
(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；
(三)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。
