公司股权变更的费用包括印花税、个人所得税等税费，其中印花税是变更股权的总价款的万分之五，而个人所得税适用的是比例税率，应当由转让人，按照百分之二十的税率来缴纳。
法律依据:
《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
《中华人民共和国个人所得税法》第三条个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
《中华人民共和国个人所得税法》第六条应纳税所得额的计算：
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
