还款后，借款协议可以收回。如果不收回的，则在贷款人以借款协议向法院起诉时，借款人需要提出已经偿还借款的抗辩，并提供除借款协议外其他相应的证据来证明。
法律依据:
《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十五条原告仅依据借据、收据、欠条等债权凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩已经偿还借款的，被告应当对其主张提供证据证明。被告提供相应证据证明其主张后，原告仍应就借贷关系的存续承担举证责任。
被告抗辩借贷行为尚未实际发生并能作出合理说明的，人民法院应当结合借贷金额、款项交付、当事人的经济能力、当地或者当事人之间的交易方式、交易习惯、当事人财产变动情况以及证人证言等事实和因素，综合判断查证借贷事实是否发生。
