分公司独立核算与非独立核算的区别是，主要是核算的主体不同。独立核算是指由分公司自行对其业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算，而非独立核算是由上级单位或总公司进行会计核算。
法律依据:
《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。 公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司法》第一百六十四条公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并依法经会计师事务所审计。 财务会计报告应当依照法律、行政法规和国务院财政部门的规定制作。
《中华人民共和国公司法》第一百六十五条有限责任公司应当依照公司章程规定的期限将财务会计报告送交各股东。 股份有限公司的财务会计报告应当在召开股东大会年会的二十日前置备于本公司，供股东查阅；公开发行股票的股份有限公司必须公告其财务会计报告。
