股权确认纠纷的收费标准是，如果股东资格确认纠纷不涉及财产的，属于非财产案件，则案件受理费是每件交纳50元至100元。股东资格确认纠纷的收费，可能还包括申请证人、鉴定人等出庭的交通费、住宿费等。
法律依据:
《诉讼费用交纳办法》第六条当事人应当向人民法院交纳的诉讼费用包括：
（一）案件受理费；
（二）申请费；
（三）证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴。
《诉讼费用交纳办法》第十三条（二）非财产案件按照下列标准交纳：
1、离婚案件每件交纳50元至300元。涉及财产分割，财产总额不超过20万元的，不另行交纳；超过20万元的部分，按照0.5％交纳。
2、侵害姓名权、名称权、肖像权、名誉权、荣誉权以及其他人格权的案件，每件交纳100元至500元。涉及损害赔偿，赔偿金额不超过5万元的，不另行交纳；超过5万元至10万元的部分，按照1％交纳；超过10万元的部分，按照0.5％交纳。
3、其他非财产案件每件交纳50元至100元。
