房屋确权纠纷的证据有：房屋买卖合同、房屋房款发票、房屋来源证明、房产登记变更的材料、房屋产权凭证、纳税票据、被告方违反合同约定或侵权的材料等。
法律依据:
《民事诉讼法》第六十三条
证据包括：
（一）当事人的陈述；
（二）书证；
（三）物证；
（四）视听资料；
（五）电子数据；
（六）证人证言；
（七）鉴定意见；
（八）勘验笔录。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。
第六十四条
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
