有限责任公司清算费用有：
1、人民法院受理破产申请后，破产案件的诉讼费用；
2、管理、变价和分配债务人财产的费用；
3、管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用。
法律依据:
《中华人民共和国企业破产法》第三十条破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产，为债务人财产。
《中华人民共和国企业破产法》第四十一条人民法院受理破产申请后发生的下列费用，为破产费用：
(一)破产案件的诉讼费用；
(二)管理、变价和分配债务人财产的费用；
(三)管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用。
