宅基地使用证上手写变更说明无效。变更宅基地使用证需要填写变更土地登记申请书，提供证明材料说明变更依据和变更内容，行政主管部门根据土地变更登记申请的内容项目进行实地调查、审核权属与地籍测量，审核通过更换宅基地证书。
法律依据:
《土地管理法》第十二条
土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
《城市房地产管理法》第十八条
土地使用者需要改变土地使用权出让合同约定的土地用途的，必须取得出让方和市、县人民政府城市规划行政主管部门的同意，签订土地使用权出让合同变更协议或者重新签订土地使用权出让合同，相应调整土地使用权出让金。
