经济适用房不可以申请注册公司。经济适用房是以中低收入家庭、住房困难户为供应对象，按国家、住宅建设标准建设的具有社会保障性质的商品住宅，仅限于居住用途。
法律依据:
《经济适用住房管理办法》第二条本办法所称经济适用住房，是指政府提供政策优惠，限定套型面积和销售价格，按照合理标准建设，面向城市低收入住房困难家庭供应，具有保障性质的政策性住房。本办法所称城市低收入住房困难家庭，是指城市和县人民政府所在地镇的范围内，家庭收入、住房状况等符合市、县人民政府规定条件的家庭。
《经济适用住房管理办法》第三条经济适用住房制度是解决城市低收入家庭住房困难政策体系的组成部分。经济适用住房供应对象要与廉租住房保障对象相衔接。经济适用住房的建设、供应、使用及监督管理，应当遵守本办法。
