企业兼并合同纠纷的注意事项包括：
1、如果合同有约定仲裁条款的，应当在发生纠纷时，向合同约定的仲裁委申请仲裁；
2、如果一方企业有资产转移、抽逃资金等行为的应当及时向人民法院申请诉前财产保全措施；
3、向有管辖权的人民法院起诉时，要准备好所需材料和证据。
法律依据:
《国务院关于废止和修改部分行政法规的决定》第十六条企业享有联营、兼并权。企业有权按照下列方式与其他企业、事业单位联营：
(一)与其他企业、事业单位组成新的经济实体，独立承担民事责任、具备法人条件的，经政府有关部门核准登记，取得法人资格；
(二)与其他企业、事业单位共同经营，联营各方按照出资比例或者协议的约定，承担民事责任；
(三)与其他企业、事业单位订立联营合同，确立各方的权利和义务。联营各方各自独立经营、各自承担民事责任。企业按照自愿、有偿的原则，可以兼并其他企业，报政府主管部门备案。
