商家合作协议不一定要盖章，如果双方经过协议签订合作协议的，由双方签字也是合法有效的，合作协议自双方签字时成立。盖章、签字或者按手印都是合同成立生效的方式，当事人可以自由选择其中一种或多种方式。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第四百九十条当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
