商业秘密被侵犯如果和侵权人签订了保密协议，约定了仲裁条款的，可以向协议中约定的仲裁委申请仲裁；也可以直接向人民法院起诉；还可以向工商行政管理部门投诉。
法律依据:
《刑法》第二百一十九条
有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金：
(一)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；
(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；
(三)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。 明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密的，以侵犯商业秘密论。
