民间借贷纠纷证据的举证方式是：
1、证明当事人诉讼主体资格的证据，当事人为自然人的，应提交其身份证明资料，如身份证或户口本等；
2、证明借款关系存在的证据，例如借款合同、借款协议、借条等；
3、证明已偿还借款的证据，例如收条或各次还本付息的付款凭证；
4、诉讼请求金额的计算依据，提供诉讼请求中关于要求计付本金及利息数额的计算清单。
法律依据:
《民事诉讼法》第六十四条 证明责任和职权探知
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。 当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。 人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
