两限房的申请流程是：由申请家庭向户口所在地街道办事处或乡镇政府提出申请；街道办事处或乡镇政府提出初审意见；区县住房保障管理部门进行复审并公示；市住房城乡建设委进行复核予以备案；申请人按照确定的选房顺序到限价房开发建设单位办理选房和购房手续。
法律依据:
《关于保障性安居工程建设和管理的指导意见》第二条
根据实际情况继续安排经济适用住房和限价商品住房建设。规范发展经济适用住房，严格执行建设标准，单套建筑面积控制在60平方米以内。房价较高的城市，要适当增加经济适用住房、限价商品住房供应。
第五条
保障性住房申请人应当如实申报家庭住房、收入和财产状况，声明同意审核机关调查核实其家庭住房和资产等情况。审核机关调查核实申请人住房、金融资产、车辆等财产的，有关机构应当依法提供便利。严禁以任何形式向不符合住房困难标准的家庭供应保障性住房。
