支付宝逾期会被起诉立案应是在法院立案。支付宝逾期属于民事纠纷，不在公安机关的管辖之内。一般是公安机关或者人民检察院发现犯罪事实或者犯罪嫌疑人，应当按照管辖范围，立案侦查。
法律依据:
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百零九条立案的机关
公安机关或者人民检察院发现犯罪事实或者犯罪嫌疑人，应当按照管辖范围，立案侦查。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十三条立案监督
人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。
