宅基地上的商铺拆迁补偿标准是以宅基地使用权证书和国土部门测绘数据为基础补偿，依法支付基地补偿费、房屋补偿费、房屋装修费、安置费及搬迁费、经营损失费、固定资产的损失费以及解聘员工的安置补偿费。
法律依据:
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
宅基地上的商铺拆迁补偿标准是以宅基地使用权证书和国土部门测绘数据为基础补偿，依法支付基地补偿费、房屋补偿费、房屋装修费、安置费及搬迁费、经营损失费、固定资产的损失费以及解聘员工的安置补偿费。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
