楼顶漏水超过质保期的且已缴纳维修基金的物业公司应该维修。房屋专有部分由业主或开发商自行维修，房屋共有部分或共用设施设备可以申请使用住宅专项公共维修基金，由建设房地产主管部门或业主大会审批使用。
法律依据:
《《住宅专项维修资金管理办法》》第二十条住宅共用部位、共用设施设备的维修和更新、改造费用，按照下列规定分摊：
（一）商品住宅之间或者商品住宅与非住宅之间共用部位、共用设施设备的维修和更新、改造费用，由相关业主按照各自拥有物业建筑面积的比例分摊。
（二）售后公有住房之间共用部位、共用设施设备的维修和更新、改造费用，由相关业主和公有住房售房单位按照所交存住宅专项维修资金的比例分摊；其中，应由业主承担的，再由相关业主按照各自拥有物业建筑面积的比例分摊。
（三）售后公有住房与商品住宅或者非住宅之间共用部位、共用设施设备的维修和更新、改造费用，先按照建筑面积比例分摊到各相关物业。其中，售后公有住房应分摊的费用，再由相关业主和公有住房售房单位按照所交存住宅专项维修资金的比例分摊。
