医疗机构土地使用税的收取是：对非营利性医疗机构按规定征收，直接用于改善医疗卫生条件的自其取得执业登记之日起3年内给予征收优惠；对营利性医疗机构3年内免征土地使用税，3年免税期满后恢复征税。
法律依据:
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第二条在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税（以下简称土地使用税）的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳土地使用税。
前款所称单位，包括国有企业、集体企业、私营企业、股份制企业、外商投资企业、外国企业以及其他企业和事业单位、社会团体、国家机关、军队以及其他单位；所称个人，包括个体工商户以及其他个人。
