签订征地补偿协议的程序是：发布拟征地通告；征询村民意见，组织听证；地籍调查和地上附着物登记确认；拟定“一书四方案”并上报审批；征用土地公告；征地补偿登记；拟定补偿安置方案并公告；根据群众意见修改相关方案并公告；签订征地补偿协议，落实征地补偿、安置资金。
法律依据:
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十条房屋征收部门拟定征收补偿方案，报市、县级人民政府。市、县级人民政府应当组织有关部门对征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见。征求意见期限不得少于30日。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十五条房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记，被征收人应当予以配合。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人公布。
