土地使用权变更免契税的情况有：
1、承受土地用于办公、教学、医疗、科研和军事设施；
2、土地被依法征收或占用，重新承受土地的；
3、承受荒地用于农、林、牧、渔项目开发的；
4、财政部或省政府确定的其他免征项目。
法律依据:
《中华人民共和国契税暂行条例》第六条有下列情形之一的，减征或者免征契税：
（一）国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋用于办公、教学、医疗、科研和军事设施的，免征；
（二）城镇职工按规定第一次购买公有住房的，免征；
（三）因不可抗力灭失住房而重新购买住房的，酌情准予减征或者免征；
（四）财政部规定的其他减征、免征契税的项目。
