擅自改变房屋结构由县级以上人民政府建设行政主管部门和其他有关部门管理。擅自改变房屋建筑主体和承重结构的责令改正，并处罚款，造成损失的依法承担相应的赔偿责任。
法律依据:
《建设工程质量管理条例》第四条县级以上人民政府建设行政主管部门和其他有关部门应当加强对建设工程质量的监督管理。
《建设工程质量管理条例》第六十九条违反本条例规定，涉及建筑主体或者承重结构变动的装修工程，没有设计方案擅自施工的，责令改正，处50万元以上100万元以下的罚款；房屋建筑使用者在装修过程中擅自变动房屋建筑主体和承重结构的，责令改正，处5万元以上10万元以下的罚款。有前款所列行为，造成损失的，依法承担赔偿责任。
