土地承包经营权流转合同有必要备案。土地承包经营权的取得和变动虽不以登记为生效要件，但一经登记即具有对抗第三人的法律效力。政府农业行政主管部门依法对合同的基础法律关系进行审查，认定合同关系合法有效，并以县级人民政府名义颁发用益物权凭证。
法律依据:
《中华人民共和国农村土地承包法》第三十五条土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记。未经登记，不得对抗善意第三人。
《中华人民共和国农村土地承包法》第四十一条土地经营权流转期限为五年以上的，当事人可以向登记机构申请土地经营权登记。未经登记，不得对抗善意第三人。
