公证的安置房协议有效。房屋公证可以对该交易行为的合法性、真实性进行证明，但不能对房屋权属转移进行公证且不发生物权变动的效力，房屋过户需由双方共同向房地产管理部门提出变更权属转移登记的申请。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
公证的安置房协议有效。房屋公证可以对该交易行为的合法性、真实性进行证明，但不能对房屋权属转移进行公证且不发生物权变动的效力，房屋过户需由双方共同向房地产管理部门提出变更权属转移登记的申请。
《中华人民共和国民法典》第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
