商品房预售合同办理备案的程序是：网上签订商品房预售合同，开发商在签订后30日内向房地产管理部门申请登记备案；经相关部门审核取得备案号，打印合同文本，买卖双方签字盖章，各持应拿的份数；合同签约完毕，经房地产管理部门审核返回备案号，备案成功。
法律依据:
《商品房销售管理办法》第八条房地产开发企业应当在商品房现售前将房地产开发项目手册及符合商品房现售条件的有关证明文件报送房地产开发主管部门备案。
《城市商品房预售管理办法》第十条商品房预售，开发企业应当与承购人签订商品房预售合同。开发企业应当自签约之日起30日内，向房地产管理部门和市、县人民政府土地管理部门办理商品房预售合同登记备案手续。
房地产管理部门应当积极应用网络信息技术，逐步推行商品房预售合同网上登记备案。
商品房预售合同登记备案手续可以委托代理人办理。委托代理人办理的，应当有书面委托书。
