回迁原土地使用权证一般在县级以上地方人民政府的不动产登记机构办理。我国法律规定了建设用地使用权和宅基地使用权都需要办理登记，而登记机构就是县级以上地方人民政府确定的。
法律依据:
《不动产登记暂行条例》第五条下列不动产权利，依照本条例的规定办理登记：
（一）集体土地所有权；
（二）房屋等建筑物、构筑物所有权；
（三）森林、林木所有权；
（四）耕地、林地、草地等土地承包经营权；
（五）建设用地使用权；
（六）宅基地使用权；
（七）海域使用权；
（八）地役权；
（九）抵押权；
（十）法律规定需要登记的其他不动产权利。
《不动产登记暂行条例》第六条国务院国土资源主管部门负责指导、监督全国不动产登记工作。县级以上地方人民政府应当确定一个部门为本行政区域的不动产登记机构，负责不动产登记工作，并接受上级人民政府不动产登记主管部门的指导、监督。
