农村宅基地房屋动迁补偿纠纷处理方式：
1、双方先就争议进行协商；
2、协商不成可以找乡政府或县级政府进行调解；
3、当事人双方有约定仲裁的还可以申请仲裁；
4、当事人双方还可以向法院起诉。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
《土地权属争议调查处理办法》第五条个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。 前款规定的个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。
《土地权属争议调查处理办法》第六条设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：
(一)跨县级行政区域的；
(二)同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的。
